Wydawnictwo Wyższej Szkoły Ekonomii i Informatyki wydaje przede wszystkim Zeszyty Naukowe z zakresu szeroko rozumianej problematyki ekonomicznej. Numer pierwszy w założeniu miał dokumentować artykuły zaprezentowane podczas konferencji naukowej, zorganizowanej przez Zakład Zarządzania Przedsiębiorstwem WSEI w maju 2003 roku.

Problematyka dotyczyła szans i zagrożeń, jakie stoją przed polskimi przedsiębiorstwami w przededniu przystąpienia Polski do Unii Europejskiej. Publikacja ta spotkała się z dużym zainteresowaniem pracowników naszej Uczelni, którzy wyrazili chęć nawiązania współpracy w celu publikacji swoich osiągnięć naukowych. W związku z ciągłym wzrostem liczby wartościowych artykułów do publikacji Wydawnictwo w 2005 roku uzyskało dla Zeszytów Naukowych nr ISSN, co podniosło prestiż naukowy czasopisma. Obecnie wydanych zostało 18 numerów Zeszytów Naukowych.